ウィキペディアは数度のサーバ故障によるサイトダウンを経験している。2003年4月5日18時08分から4月6日17時37分（いずれも日本時間）の間、ウィキペディアのサーバが故障し、書き込みができなくなった。サーバダウンは後に、2003年12月・2004年6月、および2005年2月にも起こっている。

しかし大勢においては、このような事故はウィキペディアの拡大には影響を及ぼしていない。10000項目を超えるころから、ウィキペディア日本語版はほぼ同じペースの成長率で項目を増大させて行き、数ある小さなプロジェクトのひとつから、ウィキペディアプロジェクト有数の規模を誇る代表的なプロジェクトへと発展していった。