ウィキペディア日本語版を支えるソフトウェア、メディアウィキ (MediaWiki) は、ウィキペディア寄稿者のボランティアにより開発されており、これまでに数回のアップグレードを行っている。

2004年5月28日22時38分頃、ウィキペディア日本語版のメディアウィキがバージョン1.3にアップグレードされ、それに伴い新しい外装（スキン）「MonoBook」が追加された。またデフォルトのスキン設定がそれまでの「標準」から「MonoBook」に変更された。このアップデートは5月28日から5月29日にかけて全言語版で行われた。

メディアウィキ1.3には、項目を分類するカテゴリ機能が付与されていた。これは最初英語版などに導入され、日本語版ではすぐには導入されなかったが、2004年6月25日10時頃（日本時間）、日本語版でも使用可能となった。

2004年12月に、メディアウィキ1.4がウィキメディア・プロジェクトに導入されはじめた。これにより削除された特定の版を復帰する機能や、画像表示のためのマークアップ言語の簡略化などの機能が提供されるようになった。